Мисија на Македонската берза АД Скопје е да обезбеди ефикасно, транспаренто и сигурно функционирање на организираниот секундарен пазар на хартии од вредност во Република Македонија, преку перманентно настојување на сите инвеститори да им обезбеди влез, односно излез од сите финансиски инструменти со кои се тргува на различните берзански пазари по фер пазарна цена, се со цел да помогне во градењето доверба во македонскиот пазар на хартии од вредност.
Од аспект на пазарот на хартиии од вредност, овие активности подразбираат промени и усогласувања на нормативните акти и практиката во сферата на деловното однесување со принципите и легислативата на ЕУ. Истовремено, ќе биде потребно прилагодување на работењето на пазарните учесници кон ова ново опкружување и постапна подготовка за соочување на македонскиот пазар на хартии од вредност со конкуренција на повеќе нивоа. Затоа, во наредните години приоритет ќе биде развојот на Македонската берза во добро организиран и модерен секундарен пазар на хартии од вредност кон кој и натаму ќе гравитираат мнозинството домашни инвеститори, како и странските инвеститори кои одлучиле да вложуваат на „пазарите во појавување“. Тоа значи дека Берзата мора да креира механизми, процедури и проекти со чија реализација ќе биде во состојба да го поднесе притисокот на конкуренцијата што ќе се создаде поради процесите на интеграција на земјата во ЕУ. Тоа подразбира дизајнирање на стратегијата за подобрување на нивото на понудата на пазарот преку задржување на котираните компании кои својот деловен интерес ќе го идентификуваат во котација на Берзата и развивање на нови финансиски инструменти, што ќе можат да ја апсорбираат веќе нараснатата побарувачка.